Pascasarjana merupakan program bagi lulusan S1 untuk dapat melanjutkan studi ke S2, dan lulusan S2 untuk dapat melanjutkan studi ke S3. Kampus pascasarjana Unima terletak di Tomohon. Pascasarjana Unima mempunyai tugas pokok untuk menyelenggarakan pendidikan akademik. Pascasarjana Unima mempunyai fungsi sebagai berikut.

• Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan dan pengajaran;
• Menyelenggarakan dan mengembangkan penelitian;
• Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat;
• Mengembangkan kelembagaan Program Pascasarjana Unima;
• Menyelenggarakan kerja sama dengan Program Pascasarjana, perguruan tinggi dan instansi atau lembaga lainnya dalam negeri maupun luar negeri;
• Menyelenggarakan administrasi akademik, umum dan keuangan/ perlengkapan di lingkungan Program Pascasarjana