Pascasarjana merupakan program bagi lulusan S1 untuk dapat melanjutkan studi ke S2, dan lulusan S2 untuk dapat melanjutkan studi ke S3. Kampus pascasarjana Unima terletak di Tomohon. Pascasarjana Unima mempunyai tugas pokok untuk menyelenggarakan pendidikan akademik. Pascasarjana Unima mempunyai fungsi sebagai berikut.

Daftar Pejabat Pascasarjana Unima:

Direktur Prof. Dr. Tinneke E.M. Sumual, M.S.

Wakil Direktur Bidang Akademik & Kemahasiswaan Dr. Viktory N.J. Rotty, M.Teol., M.Pd.

Wakil Direktur Bidang Keuangan & Umum Dr. Jeffry S.J. Lengkong, M.Pd.

Program Studi:

Prof. Dr. Joulanda A.M. Rawis, M.Pd.(Manajemen Pendidikan – S3)

Prof. Dr. Evi E. Masengi, M.Si. (Administrasi Negara – S2)

Prof. Dr. Ing. Parabelem T.D. Rompas, M.T. (Pendidikan Teknologi Kejuruan – S2)

Dr. Itje Pangkey, M.Si. (Pendidikan IPS – S2)

Dr. Anatje Lihiang, M.Si. (Pendidikan IPA – S2)

Dr. Shelty Sumual, M.Si. (Manajemen Pendidikan – S2)

Dr. Icdhar Domu, M.Pd. (Pendidikan Matematika – S2)

Dr. Richard D.H. Pangkey, M.Pd. (Pendidikan Guru SD – S2)

Dr. Edwin Wantah, M.Pd. (Pendidikan Ekonomi – S2)

Dr. John Z. Lombok, M.Si.

Dr. Santje Iroth, M.Hum. (Pendidikan Bahasa Indonesia – S2)

Dr. Ceisy N. Wuntu, MA. (Pendidikan Bahasa Inggris – S2)

Dr. Sukma Gedoan, M.Si. (Biologi – S2)

Dr. Fredrik Sumarauw, M.AIFO (Pendidikan Olahraga – S2)

Dr. Arthur Tuwaidan, M.H. (Ilmu Hukum – S2)